Hieff NGS? OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent 快速片段化/末端修復(fù)/A尾添加模塊
批量采購， 請(qǐng)點(diǎn)擊詢價(jià)
產(chǎn)品說明書
FAQ
COA
已發(fā)表文獻(xiàn)
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent是針對(duì)Illumina®與MGI®高通量測序平臺(tái)設(shè)計(jì)的新一代酶切法建庫試劑。本品采用高質(zhì)量的片段化酶，擺脫了繁瑣的超聲過程，同時(shí)簡化了操作流程，將片段化模塊與末端修復(fù)/加A模塊合二為一，極大的降低了建庫的時(shí)間和成本。可應(yīng)用于500 pg-1 μg常規(guī)動(dòng)植物基因組、微生物基因組等樣本，在單管內(nèi)實(shí)現(xiàn)DNA的片段化、末端修復(fù)和A尾添加反應(yīng)。反應(yīng)產(chǎn)物無需純化，即可使用Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Ligation Module（Cat#12607）或Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）進(jìn)行文庫構(gòu)建中接頭連接反應(yīng)。
產(chǎn)品組分
|
組分編號(hào) |
組分名稱 |
24 T |
96 T |
|
12619-A |
Smearase® Buffer |
240 μL |
960 μL |
|
12619-B |
Smearase® Enzyme |
120 μL |
480 μL |
運(yùn)輸與保存方法
干冰運(yùn)輸。-25~-15℃保存，有效期18個(gè)月。
注意事項(xiàng)
1. 本試劑盒兼容范圍為500 pg - 1 μg Input DNA。應(yīng)盡可能使用A260/A280 = 1.8-2.0的高質(zhì)量Input DNA。
2. 若Input DNA中引入高濃度金屬離子螯合劑或其他鹽，可能會(huì)影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)，建議將DNA稀釋在TE（10 mM Tris-HCl ,1 mM EDTA，pH 8.0）中進(jìn)行片段化。
表1 常規(guī)基因組DNA片段化時(shí)間選擇表
|
插入片段主峰大小 |
片段化時(shí)間 |
優(yōu)化范圍 |
|
600 bp |
8 min |
6-12 min |
|
350 bp |
10 min |
8-14 min |
|
250 bp |
12 min |
10-15 min |
|
200 bp |
15 min |
13-18 min |
|
150 bp |
20 min |
15-25 min |
表2 FFPE DNA片段化時(shí)間選擇表
|
插入片段主峰大小 |
片段化時(shí)間 |
DIN* |
|
250 bp |
9-13 min |
> 8.0 |
|
250 bp |
8-11 min |
6.5-8.0 |
|
250 bp |
4-8 min |
4.2-6.5 |
|
250 bp |
3-6 min |
2.5-4.2 |
【注】：*DIN為DNA Integrity Number，是用Agilent 2200來定義FFPE DNA降解程度的一種方法。
3. 對(duì)于常規(guī)的高質(zhì)量基因組DNA，酶切時(shí)間參考表1，本試劑盒片段化偏好低，耐受各種GC含量的模板。對(duì)于不同降解程度的FFPE樣本，酶切時(shí)間參考表2。以上為推薦時(shí)間，需客戶在自己的實(shí)驗(yàn)體系中進(jìn)行微調(diào)，以達(dá)到最佳效果。
4. 參照片段化步驟推薦條件可將DNA酶切為所需大小，為保證優(yōu)質(zhì)穩(wěn)定的片段化效果，片段化過程請(qǐng)于冰上操作。
5. 為了您的安全和健康，請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。
使用方法
DNA片段化/末端修復(fù)/dA尾添加（DNA Fragment/End Preparation/dA-Tailing）
該步驟將基因組DNA片段化，同時(shí)進(jìn)行末端修復(fù)及dA尾添加。
1. 將表3中試劑解凍后，顛倒混勻，置于冰上備用。
2. 于冰上配制表3反應(yīng)體系。
表3 DNA片段化/末端修復(fù)/dA尾添加 PCR反應(yīng)體系
|
名稱 |
體積（μL） |
|
Input DNA |
x |
|
Smearase® Buffer |
10 |
|
Smearase® Enzyme |
5 |
|
TE |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應(yīng)液離心至管底。
4. 將上述PCR管置于PCR儀，設(shè)置表4所示反應(yīng)程序，進(jìn)行DNA片段化，末端修復(fù)及dA尾添加反應(yīng)。
表4 DNA片段化/末端修復(fù)/dA尾添加 PCR反應(yīng)程序
|
溫度 |
時(shí)間 |
|
熱蓋105°C |
On |
|
4 °C |
1 min* |
|
30 °C |
3-20 min** |
|
65 °C |
20 min |
|
4 °C |
Hold |
【注】：*DNA片段化過程為有效控制片段化效果，避免過度酶切，反應(yīng)程序可預(yù)先設(shè)置4℃，待模塊溫度降至4℃時(shí)，將PCR管放入PCR儀即可。**對(duì)于完整的基因組DNA，酶切時(shí)間參考表1，Input DNA 500-1000 ng，可根據(jù)具體需求，適當(dāng)延長酶切時(shí)間2-4 min左右；對(duì)于質(zhì)量不一的FFPE DNA樣本，酶切時(shí)間參考表2。
5. 產(chǎn)物如需純化，可使用Hieff NGS® DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效產(chǎn)品。也可以直接駁接Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）或Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module（Cat#12607）試劑盒，進(jìn)行接頭連接。詳細(xì)說明請(qǐng)見后者的說明書。
參考實(shí)例
使用Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent對(duì)200 ng Human gDNA (NA12878) 樣本進(jìn)行酶切建庫檢測，片段化結(jié)果見圖1。
圖1 OnePot Pro DNA建庫試劑盒酶切200 ng Human gDNA樣本（不同酶切時(shí)間片段化效果檢測）
HB230215
